La tradición sofista y socrática de dedicarse a la enseñanza de alumnos y discípulos, se plasma en la creación de escuelas estables, de las cuales las más famosas se encuentran en Atenas.
Platón, continuando la tradición socrática, funda en Atenas la Academia, tras la compra de un pequeño terreno junto a los jardines dedicados al héroe Academos, en donde se reúne con sus discípulos. Coincide y rivaliza con la escuela del sofista Isócrates, dedicada a la enseñanza de la Retórica.
En el 335 Aristóteles regresa a Atenas donde funda una nueva escuela, el Liceo, cercana al templo de Apolo Licaios, que será conocida también como escuela peripatética por la costumbre de sus miembros de discutir paseando.
El liceo, que contaba con apoyo económico de Macedonia, disponía de una Biblioteca y de un cuadro de profesores que impartían clases con regularidad, dedicándose al estudio y a la investigación. Por ello tiene más parecido con las universidades actuales que la Academia platónica. En la época de Teofrasto llegó a contar con 2000 alumnos, sin embargo posteriormente pierde importancia tras ser saqueada dos veces por Filipo V de Macedonia y arrasada por Sila en el año 86, que se llevó a Roma todas las obras de Aristóteles existentes en la biblioteca del Liceo.
Un poco después, en el año 306, al inicio de la época helenista, Epicuro funda su escuela, el Jardín, que polemizará arduamente con los estoicos y contra el escepticismo de la Academia. Con el desarrollo del cristianismo, el epicureísmo perderá influjo e importancia hasta llegar casi a desaparecer en la Edad Media.
Hacia el 300, Zenón de Citio (Chipre) comienza a dar clases en el pórtico (στόα) decorado con pinturas de Polignoto, cerca del Ágora de Atenas, por esto sus seguidores serán llamados estoicos. Desde sus inicios polemizan con Epicuro y con la Academia Media y Nueva. Su influjo perdurará en el pensamiento romano y en el cristianismo.
Este ambiente cultural y docente de Atenas durará siglos. Los romanos pudientes enviarán a sus hijos a estudias a las escuelas de Atenas. Sin embargo en el año 529 después de Cristo, el emperador bizantino Justiniano las cierra y dispersa a sus profesores y alumnos, tal vez por las polémicas que mantienen entre ellas o tal vez por presión de las autoridades religiosas cristianas. La tradición filosófica y científica de los griegos pasará, por esto, a los árabes.